La classe dirigente, rappresentata dal Primo Ministro, è intenta solo a racimolare voti alle elezioni e a negare l'evidenza di gravi problemi . Le persone che non condividono questo tipo di mentalità sono tenute ai margini della società, considerate fuorilegge (Capitan Harlock e la sua ciurma) o idealisti fuori di senno (il professor Dayu e la sua famiglia).

Questo stato di apatia non viene turbato nemmeno dall'arrivo sulla Terra di una misteriosa e gigantesca sfera nera, chiamata Pennant, che precipitando causa un immane disastro, oltre che la morte di alcuni eminenti scienziati, tra cui il professor Dayu. Harlock inizia ad indagare su questa sfera e scopre che l'oggetto, coperto da strane iscrizioni, è stato inviato come monito dal potente pianeta Mazone, che vuole conquistare la Terra e trasformarla nella sua seconda patria. Comincia quindi una guerra solitaria a bordo della sua astronave Arcadia contro le Mazoniane, per salvare la Terra. A lui si unisce, per spirito di vendetta e ribellione verso la società indifferente, Tadashi Dayo, figlio dello scienziato morto.

Capitan Harlock quando non è in combattimento, trova il tempo di scendere sulla Terra e fare visita a Mayu, figlia del suo migliore amico. Mayu ha sette anni e vive in un collegio, dove viene spesso maltrattata a causa della sua amicizia con il pirata spaziale (che legalmente è il suo tutore) e viene spesso utilizzata come esca dal ministro della difesa Kirita per cercare di catturare Harlock.

Nonostante i trucchi e le trappole organizzate dagli umani e dalle Mazoniane per distruggere Harlock e l'Arcadia, egli riesce sempre a sfuggire e vincere le battaglie. Aiutato anche dallo spirito dell'amico morto Tochiro Oyama (padre di Mayu e costruttore dell'Arcadia), rimasto nella nave pirata, egli riesce a danneggiare fortemente la flotta mazoniana e a salvare la Terra. Infine Harlock si scontra in duello con la regina delle manzoniane chiamata Regina Raflesia, e dopo averla ferita la costringe ad abbandonare i suoi propositi di conquista.